Um das Jahr 780 gewann Liudger die Friesen für den christlichen Glauben. Dort, wo heute noch der alte reformierte Kirchhof Westerende ist, ließ er die erste hölzerne Kapelle in der Region errichten. Nach weiteren Holzbauten, die wiederholt den Wikingern zum Opfer fielen, entstand hier um das Jahr 1200 die erste Kirche aus Stein. Es handelte sich um eine schlichte gotische Hallenkirche. Im 15ten Jahrhundert wurde der Saalbau um einen gotischen Chor erweitert. Der frei stehende Kirchturm nord-östlich der Kirche diente im Flecken Leer auch als Waage, nachdem Leer im Jahr 1508 das Marktrecht erhalten hatte. Die zweischiffige Unterkirche der ersten Steinkirche in Leer, die Krypta auf dem Friedhof Westerende ist als ältester Sakralbau Ostfrieslands bis heute erhalten.

Reformation

Im Jahre 1524 berief Hajo Unken III., der damalige „Häuptling" (und wohl auch Kirchenpatron) von Leer, den Theologen (Magister) Lübbert Canz (Cantzius) aus Münster in die Stelle des Propstes an die Ludgeri-Kirche in Leer. Dieser hatte schon in Münster evangelisch gepredigt, fiel dort in Ungnade und war in Leer willkommen. Hier führte er nur sieben Jahre nach dem Thesenanschlag Luthers in Wittenberg das reformierte Bekenntnis, eine reformierte Liturgie, Gemeindeordnung und Unterweisung ein. Zunächst dürfte es noch ein Nebeneinander der katholischen und der reformierten Christen in Leer gegeben haben. Canz entfernte die Altäre aus der alten Liudgeri-Kirche. Leer wurde reformiert in der auf den Genfer Reformator zurückgehenden Form.

Die reformierte Gemeinde verfügte über gesicherte Einnahmen aus dem Waagerecht. Der Rat der reformierten Gemeinde übernahm die Rechte des früheren Probstes, bestimmte somit die Politik im Flecken Leer und kümmerte sich um die grundlegende Daseinsvorsorge. Dazu gehörten die Armenfürsorge (Unterhalt eines Armen- und eines Waisenhauses), eine Volksschule und ab 1584 eine Lateinschule, deren Rektor Ubbo Emmius von 1588 bis 1594 war. Emmius wurde danach als Rektor an die Universität in Groningen berufen.

Nach 1540 verhalfen reformierte Glaubensflüchtlinge aus den Niederlanden zur Zeit der spanischen Herrschaft Leer zu Wohlstand und stärkten die reformierte Gemeinde. Der niederländische Einfluss auf die reformierte Gemeinde blieb lange erhalten. Die Prediger stammten aus den Niederlanden oder hatten zumindest dort studiert; bis in die Mitte des 19. Jahrhunderts wurde in der reformierten Kirche in Leer niederländisch gepredigt und gesungen und wurden die Kirchenbücher in niederländischer Sprache geführt.

Neubau der Großen Kirche

Der alte gotische Backsteinbau am Westerende war so baufällig geworden, dass im Jahr 1777 ein starker Sturm während des Gottesdienstes das Dach einzustürzen drohte. Die Gemeinde verließ fluchtartig die Kirche. Die Kirche blieb zwar notdürftig im Gebrauch, an eine Reparatur und nachhaltige Sanierung war nicht zu denken, weil die Kirche offenbar nicht ausreichend gegründet war. So entstand der Plan, weiter östlich und damit näher am Hafen und dem neuen Ortszentrum eine neue Kirche zu bauen, die zudem den Anforderungen einer reformierten Gemeinde besser entsprach. Um die Finanzierung sicher zu stellen, waren Sammlungen in den umliegenden Orten, auch in den heutigen Niederlanden erforderlich. Auch die lutherischen Christen in Leer beteiligten sich an den Baukosten. Nach kanpp zweijähriger Bauzeit unter Leitung des Baumeisters Isaak Woortmann wurde 1787 die neue, die Große Kirche, mit einem großen Festgottesdienst in Benutzung genommen. Erst einige Jahre später - 1805 - wurde auch der Kirchturm der reformierten Kirche, bis heute mit 54 Meter der höchste Turm in der Stadt, fertig gestellt.

Die Orgel, das Taufbecken, die 1609 von Andreas Kistenmaker gefertigte Kanzel und die Messingleuchter der Liudgerikirche fanden Verwendung in der neuen Großen Kirche.

Die alte Kirche wurde auf Abriss verkauft. Erhalten blieb die Unterkirche, weil sie nach der Reformation am Westerende zur Grablege geworden war und somit nicht einfach abgerissen werden konnte. Diese Unterkirche, die Krypta ist bis heute erhalten und ist sicher eines der ältesten Bauwerke in Ostfriesland.

Mit der Verleihung der Stadtrechte für den Flecken Leer im Jahr 1823 übernahm die Kommune die wesentlichen Aufgaben der Daseinsvorsorge, und der Einfluss der reformierten Gemeinde schwand.